Entendo que não. Uma vez que a base de cálculo não esta relacionada com parte indenizatória.
Veja as orientações no site da Receita Federal:
IS/PASEP - Folha de Salários
Contribuintes
Base de Cálculo
Alíquota
Contribuintes
São contribuintes nesta modalidade:
a) até 28 de setembro de 1999, as entidades sem fins lucrativos, definidas como empregadoras pela legislação trabalhista e as fundações ( Lei nº 9.715, de 1998, art. 2º);
b) a partir de 28 de setembro de 1999, as entidades sem fins lucrativos relacionadas no art. 13 da MP nº 1.858-6, de 1999, e reedições;
c) as sociedades cooperativas (art. 2º da Lei nº 9.715, de 1998, e arts. 15 e 16 da Medida Provisória nº 1.858-7, de 1999, e reedições).
Atenção:
As cooperativas de produção, observado o disposto no Ato Declaratório SRF nº 88, de 17 de novembro de 1999, e na Instrução Normativa SRF nº 145, de 1999, deverão adotar o regime previsto na MP nº 1.858-7, de 1999, e reedições, a partir de 1º de novembro de 1999.
Base de Cálculo
A base de cálculo é o total da folha de pagamento mensal de seus empregados.
Entende-se por folha de pagamento mensal, o total dos rendimentos do trabalho assalariado de qualquer natureza, tais como salários, gratificações, comissões, adicional de função, ajuda de custo, aviso prévio trabalhado, adicional de férias, qüinqüênio, adicional noturno, hora extra, 13° salário e repouso semanal remunerado.
Não integra a base de cálculo: o salário-família; o aviso prévio indenizado; o FGTS pago diretamente ao empregado na rescisão contratual; a indenização por dispensa, desde que dentro dos limites legais.
Alíquota
A alíquota a ser aplicada sobre a base de cálculo é de 1% (um por cento).
Fonte: www.receita.fazenda.gov.br