Oi, Paulo Henrique!
Eu só faço o agendamento após o envio da rescisão pelo Homolognet, pois quando faço parcialmente, se fecho o sistema e abro novamente, o sistema gera outro número de NAR (nunca reparei se tem diferença, se for no mesmo dia ou ou no dia seguinte)....mas espero que dê certo.
Muito estranha essa mensagem, mas devido a urgência, termine o lançamento manual e, se depois da reforma trabalhista, ainda precisar do Homolognet (o que é bem difícil), aconselho você a conversar com os técnicos da sua folha, e confirmar se o problema é da folha ou do Homolognet, porque não faz sentido o sistema não enviar as informações completas.