Bom dia,Ariane!
As orientações do Maxsoel Rodrigues estão corretas.Mas,eu acrescento algumas medidas a serem tomadas.
Primeiro: Com a mudança de objeto social da empresa,é preciso abrir contas (no mesmo Plano que você utilizou para o Comércio) das novas movimentações que surgiram(ou surgirão).Ou seja,novos fatos contábeis diferentes gerados pela nova atividade,vão exigir novas contas.Assim,eu a aconselho a fazer um novo plano dentro do mesmo já existente,como se fosse um plano de contas de uma filial.
Exemplo: Receitas de Vendas Mercantis (Já existe,certamente)
Nova Conta ..... Receitas de Transportes de Produtos(mais ou menos um título assim).
Nas despesas,siga o mesmo critério
Use o mesmo plano de contas,mas crie novas contas específicas da nova atividade.Até mesmo as despesas com o Pessoal e encargos devem ser mantidas contabilizadas em separado(Até a data onde foi comercio e onde se inicia as atividades da transportadora).
Espero ter ajudado também