Prezado Amigo André Luis, boa tarde!
Estou passando pela mesma dúvida que a sua, porém, tenho pesquisado sobre o assunto em questão, inclusive aqui no fórum tenho recebido diversos esclarecimentos.
Não sei quanto aos demais amigos, mas em minha opinião para iniciar acredito que o MEI seja a melhor opção, principalmente pela possibilidade de emissão de nota fiscal, pois muitos clientes não gostam de ter que reter o INSS com base em emissão de RPA, ademais no MEI você tem o recolhimento mensal de apenas uma contribuição, o que facilita a dinâmica do exercício da profissão.
Dei uma pesquisada aqui no site do CRC/SP e notei que ao optar pela inscrição como MEI é necessário o pagamento de taxa de registro anual como MEI, além do pagamento da taxa do CRC profissional, quanto ao seu estado seria necessário verificar junto ao seu CRC se existe esta obrigatoriedade.
Em complemento aos comentários e fortalecido com as pesquisas que executei, entendo ser interessante a aquisição de um certificado digital com base no registro do MEI, pois facilitará a entrega de obrigações acessórias, bem como, demais trabalhos relacionados ao sitio virtual dos órgãos que nós contadores necessitamos ter acesso.
S.m.J. este é o meu entendimento. Caso já tenha concretizado a abertura do MEI e possa compartilhar vossas experiências, agradeço.
Att.
Roberto