Rafael, boa noite,
Pelo o que entendi, a empresa efetuou uma compra e a nota fiscal eletrônica chegou por e-mail (como de costume, já que é enviada para o comprador no momento de seu faturamento).
A mercadoria que estava em trânsito foi avariada ficando imprópria para a revenda. O que fazer? O fornecedor da mercadoria irá emitir uma nota de retorno que informará o ocorrido, e você poderá solicitar essa nota para futuros questionamentos do fisco.
A nota eletrônica que chega por e-mail não pode ser registrada no sistema antes da chegada da mercadoria, portanto, não terá efeito nenhum. O importante é ter essa nota que o fornecedor emitirá, para assegurar que a informação da venda foi desfeita.
Bom trabalho!
"Respostas em caráter de orientação, não produzem os efeitos da consulta formal junto ao órgão competente."
Israel Ferreira
Contador
Campos de Sousa Assessoria Contabil