Bom dia Ronaldo,
Se consegui entender, ao invés de contabilidade regular, está escriturando apenas o Livro Caixa, certo?
Se for isto o raciocínio é bem simples. Considere todo o movimento a partir do Livro Caixa, a conta bancária (neste caso) servirá apenas como referência, ou seja, ela apenas justificará "onde está o dinheiro" além de comprovar a origem de algumas despesas financeiras ou tributárias, como a CPMF, taxas bancarias e etc..
Neste conceito, todos as entradas e saídas de numerários na conta bancária serão também entradas e saídas do caixa. Vale dizer que aquilo que a empresa receber via crédito em conta bancária, será reconhecido como recebimento via "entrada" do Caixa.
Dito de outra maneira, seria afirmar que o Banco e o Caixa devem ser tratados como uma conta única. Se houve um crédito no Banco (depósito do Visa, por exemplo) você vai considerar isto como um recebimento de caixa.
Você não tem que fazer um lançamento de saída do caixa e entrada no Banco para justificar um depósito feito no Banco. A conta é uma só, a diferença é que ao invés deste dinheiro estar guardado em espécie na empresa está guardado no Banco, mas ainda assim é controlado pela conta Caixa. Se fizer um pagamento em cheque vai reconhecer isto como um pagamento feito pelo caixa.
Assim, se foi debitado no Banco despesas com CPMF, você fará uma saída correspondente no Caixa mencionando ser uma despesa com CPMF (neste caso, despesa tributária). No final do dia o saldo de seu Caixa deverá ser a soma do dinheiro que você tem em espécie na empresa e o saldo bancário disponível.
É claro que a conta bancária deverá ser conciliada diariamente para lhe oferecer o saldo exato de suas disponibilidades.
A parte disto, chamo sua atenção para o fato de que a simples manutenção do Caixa (ainda que contábil) só atende as exigências da Receita Federal. A legislação comercial e inclusive o CRC exigem a contabilidade regular, mesmo para as empresas enquadradas no Simples.