Boa noite!
Raphael Melo,
Se você afirma que o serviço de transporte foi de São Paulo para Cotia, Incide ICMS, pois foi uma prestação intermunicipal. Conforme o nosso colega Vinicius Padilha Moretti colocou, pode ter ocorrido um equívoco na emissão da nota e foi emitida uma nota de serviço ao invés de um conhecimento de transporte (CTRC), neste caso, não cabe retenção. A solução seria você cancelar essa nota de serviços e emitir um CTRC, pois é ilegal você recolher ISSQN onde não há incidência e recolher no lugar ICMS, que inclusive tem alíquota menor para o ISSQN. No caso de estar correto o fato gerador, você tem ver a legislação municipal de Cotia, mas a retenção é assim que funciona: O tomador irá pagar o principal menos a sua alíquota do Simples Nacional e você irá deduzir este valor do seu ISSQN devido a Prefeitura de Cotia(caso houver mais ISSN devido), onde o ISSQN será recolhido pelo tomador.
Att.