Alex Henrique,
conforme a cita a legislação o a diferença de alíquota deverá ser recolhida.
Art. 42. § 1º Fica o contribuinte mineiro, inclusive a microempresa e a empresa de pequeno porte, obrigado a recolher o imposto resultante da aplicação do percentual relativo à diferença entre a alíquota interna e a interestadual, observado o disposto no inciso XII do caput do art. 43 e no art. 84 deste Regulamento, na hipótese de:
I - entrada, em estabelecimento de contribuinte no Estado, em decorrência de operação interestadual, de mercadoria destinada a uso, consumo ou ativo permanente e de utilização do respectivo serviço de transporte;
II - utilização, por contribuinte deste Estado, de serviço de transporte ou de serviço oneroso de comunicação cuja prestação, em ambos os casos, tenha-se iniciado em outra unidade da Federação e não esteja vinculada a operação ou prestação subseqüentes.