Boa tarde Luciano!
Nunca ouvi falar nisso, já que a baixa de um CNPJ é regido pelo CadSinc e o mesmo já informa automaticamente a SEFAZ que o CNPJ atrelado para esta Inscrição Estadual esta sendo baixado.
Logicamente ainda devem ser cumpridas as outras exigências, principalmete da SEFAZ que vai solicitar a apresentação de livros, talões de NF, etc.etc.etc.
Se isso ocorreu, com certeza tem alguma coisa errada. Tente tirar o SINTEGRA dessas empresas, Nova e Baixada e você verá a situação delas.
Se estiver tudo habilitado, há um erro no processo e poderá trazer problemas futuros para ambas.
Sds
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