Cimone, mais uma vez bom dia
O fiscal já tem os seus arquivos, mas, provavelmente estão com inconsistências, ele já até deve estar com o relatório de pendenças apresentadas. O que ele quer é que vc os apresente novamente, mas, agora de forma que eles se materializem como prova legal, porque como no sintegra não tem assinatura digital, ele não pode lavrar o auto. Até pode, mas, vc poderia impugná-lo.
Conclusão vc terá que refazer esses arquivos em seu Software no qual originou estes arquivos na época de transmissã ok,Assim, antes de vc apresentar ao fiscal faça uma auditoria e cruze as informações com a gia apresentada, porque foi isso que ele fez.