Se não exportou antes de excluir pode tentar recuperar a nota, digitando os dados constantes na consulta no site.
Para obter a chave de acesso da nota autorizada transmita a nota da mesma série e número da que necessita recuperar o arquivo XML e o DANFE, que receberá como retorno o código do erro 539 e a chave de acesso da nota autorizada.
Se ao validar for gerada a mesma chave de acesso da nota autorizada, conseguirá recuperar o protocolo, da seguinte forma: assinar, voltar ao gerenciamento de notas, clicar na nota e clicar em consultar situação da nota na SEFAZ.
Se não obteve a mesma chave de acesso da nota autorizada, continuar a recuperação dos dados da nota original autorizada.
Se preferir cancelar a NF-e, anote a chave de acesso da nota autorizada, que é informada no retorno de erro 539, exclua a nota do Emissor de NF-e, e utilize a funcionalidade Cancelar NF-e não cadastrada no software, no menu Notas Fiscais do Emissor de NF-e.