Boa tarde Rosangela!
Vamos por partes:
1 e 2 - Sim, voce entra direto no SEFIP (ja atualizado os Indices do FGTS) e cadastra a empresa e os funcionários manualmente e faz mês a mês a SEFIP dos mesmos...Vão gerar 24 Guias de Recolhimento de FGTS e somente destes funcionários. O que você precisa ter em mãos é a folha de pagamento deles desse período, para saber o valor da remuneração deles.
3 - No Conectividade eu não sei, mas você tira essas pendências entrando no site da CEF -> FGTS -> Certificado de Regularidade - Lá vai aparecer que tem restrições e com uma procuração você vai até a agencia da CEF e eles tiram o relatório para você.
Se a empresa está assim, mais fácil é você ir na Receita Federal - INSS - Pesquisa Situação Fiscal (isso é presencial, caso voce não tenha o Certificado Digital da Empresa - caso tenha o C.D. pode entrar pelo E-Cac) que você consegue ver as pendencias, pois se não pagaram FGTS, 99,9% que tbm não pagaram a GPS e os períodos serão os mesmos.
Espero ter ajudado
Obs: caso não saiba como fazer manualmente, poste de novo que eu te mostro como faz.....
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