desculpas este é o completo
Primeiramente a definição melhor para a opção e sua empresa é enquadramento:
faturamento até 1,2 milhões - microempresa
entre 1,2 mi e 10,5 mi - pequena empresa
entre 10,5 mi e 60 mi - media empresa
acima 60 mi - grande empresa
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A lucro presumido ou real, vce pode comparar com o Imposto de renda.
se vce não tem muitas despesas para deduzir da base do imposto é melhor utilizar o presumido caso contrario utilize o real. Isto é uma comparação muito simples, pq existe outras variaveis, como creditos de pis/cofins não cumulativos(DACON).
Imagino q o seu ramo é praticamente tudo ICMS substituição tributaria (alimentos)
O estoque se for possivel efetuar o estoque permanente pois vces terão maior controle do custo(CMV).
qualque outra duvida, post novamente.