Gabriel,
O próprio Protocolo é a sua base legal, e na sua maioria trazem o mesmo texto.
Vejamos um exemplo:
Cláusula X: Os Estados signatários acordam em adequar as margens de valor agregado ajustadas para equalizar a carga tributária em razão da diferença entre a efetiva tributação da operação própria e a alíquota interna na unidade federada destinatária, com relação às entradas de mercadorias provenientes de outras unidades da Federação.
Quando o próprio Protocolo obriga o remetente a equalizar a carga tributaria, isso quer dizer que ele deve recolher a diferença de alíquotas entre os dois estados.
Outro detalhe: Em São Paulo, o artigo 117 (que trata da obrigação do diferencial de alíquotas), traz em seu texto:
Artigo 117 - Em caso de entrada, real ou simbólica, de mercadoria oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou de utilização de serviço cuja prestação se tiver iniciado fora do território paulista e não estiver vinculada a operação ou prestação subsequente alcançada pela incidência do imposto, sendo a alíquota interna superior à interestadual, o contribuinte deverá escriturar no livro Registro de Apuração do ICMS, no período em que a mercadoria tiver entrado ou tiver sido tomado o serviço (Lei 6.374/89, art. 59).
Veja que o legislador apenas obrigou o contribuinte a recolher o Difal "apenas" quando a alíquota interna for superior à interestadual, no Protocolo o remetente equalizou a carga tributária através da MVA ajustada, portanto não existirá difal, pois foi ele que equalizou e calculou sobre a alíquota interna do estado de destino da mercadoria.