Erica,
Este seu caso é realmente "complicado", visto que quando você tem uma procuração com pleno poder, presume-se que você tem o poder para "fazer o que quiser". Mas, como se trata de transferência de capital, é necessário que esteja especificado na procuração a tranferência.
Tive um caso parecido ao seu e questionei o advogado da Junta Comercial e fui informado que no caso de transferência de cotas de capital, é quase a mesma coisa que transferir o dinheiro do sócio. Por este motivo que é exigido a procuração mais detalhada.
Ele também me informou que existem dois tipos de procurações neste caso: uma que dá pleno poder para qualquer ato (movimentação bancária, compra e venda de imóveis, etc, tudo em uma única procuração) e outra com pleno poder para todos os atos necessários para alteração contratual de empresas na Junta Comercial (ou em todos os órgãos).
Se a sua procuração for nos moldes desta segunda, a Junta Comercial tem que aceitar a procuração, pois se ela é para todos os atos da alteração contratual da empresa, também é válida para a transferência de cotas de capital.
Agora se a procuração for nos moldes da primeira, realmente será necessário ser mais específico na procuração.
Vale lembrar que minhas informações não tem base legal, visto que obtive em uma conversa "informal" com o advogado da Junta Comercial.