Yara Luz,
A retenção tem como base legal a Legislação que está em vigor sobre o assunto. Esta legislação descreve em que casos reter o impostos (obrigação principal do tomador) e em que casos destacar a retenção na nota fiscal (obrigação do prestador). No caso em que haja a obrigação em reter o imposto, o fato do prestador não destacar a retenção não impossibilita que haja a retenção de sua parte.
Ou seja, mesmo havendo o descumprimento da normal legal por parte do prestador em não destacar a retenção na nota fiscal, existe ainda a obrigação principal do tomador em reter o imposto, desde que a retenção seja devida.
Neste caso, a nota fiscal deverá vir acompanhada de toda a GFIP completa bem como comprovantes de pagamentos de impostos e funcionários, para resguardo de sua Empresa e caso esteja tudo Ok você deverá recolher o valor retido do prestador.
Att.