Boa Tarde, Gislaine
Tive um mesmo caso onde o SEFAZ de RS me cobrou o ICMS ST sobre a nota Fiscal de Bonificação, em contato com o SEFAZ de la fui alertado que se tratava de um diferencial de aliquota, no qual foi cobrado a titulo de ST.
Então primeira coisa a se fazer é olhar se tem Protocolo com o Estado de destino da mercadoria, e verificar se também se trata do diferencial de aliquota ok.
Se caso estiver no Protocolo, apenas devera ser calculado o diferencial de aliquota que devera ser pago a titulo de ST, sem aplicar a MVA ok.
Lembrando que a bonificação não é uma operação de venda por isso que sera desta maneira.