Luis Carlos,
desculpe, eu li sua pergunta mas não havia entendido que essa liquidação havia sido em juízo.
Porque se não foi em juízo, a empresa procedeu errado com a GFIP código 650.
Mas, mesmo o pagamento sendo em juízo, e como a própria decisão do juíz diz, é salário matenidade, então esses valores podem ser compensados da maneira que já citei, mas você terá que refazer as GFIP código 115, de cada competência, informando os valores do auxílio maternidade daquele mês no campo da empresa/Informações Complementares/Compensação referente aos 120 dias do salário maternidade. Também deverá informar a movimentação da empregada como afatasda no auxílio maternidade (Código Q1).
Também poderia reinformar as GFIP código 650, informando os valores de compensação da mesma maneira, mas nesse caso ainda sobraria saldo a ser compensado no mês, onde esse saldo teria que ser informado na GFIP código 115. Se você for fazer essa opção, sugiro a você que cancele as GFIP código 650, enviadas anteriormente, e refaça-as daqui a uns 10 dias úteis, para não haver duplicidade no sistema da Receita Federal.
Espero ter sido claro e poder ter ajudado.