Nãããããããããããããoooooo!!!!!!!!
A empresa pode ser transferida para a Junta comercial sim. Mesmo que não tenha comércio.
1º Faça uma busca do nome que a empresa já tem na Junta Comercial (como ela está registrada em cartório pode ser que na Junta tenha outra com o mesmo nome), se não tiver nenhuma com o mesmo nome, ótimo, vc continua com o mesmo, caso contrário terá que incluir uma alteração de nome empresarial no contrato;
2º Faça o contrato alterando o endereço da empresa de Rio Grande da Serra para São Paulo;
3º Inclua uma cláusula nas alterações informando que a sociedade está deixando de ser uma sociedade simples (ou sociedade por quotas de reponsabilidade limitada) e passando a ser uma sociedade empresária limitada e por isso seu registro passará a ser na Junta Comercial;
4º Registre sua alteração no cartório de Rio Grande da Serra;
5º Após o registro você tem que pedir que o cartório forneça um Inteiro Teor (documento com todo o histórico da empresa);
6º Acesse o cadastro web e selecione a opção de abertura de empresa, após esse passo você deve marcar a opção de registro de empresa vinda de cartório;
7º Após o cadastro web pronto, você dá entrada na Junta Comercial. O processo deverá ser protocolado assim: As duas vias do contrato social que o cartório registrou + uma cópia autenticada, o Inteiro Teor que você solicitou no passo 5º e a documentação de sócios. Caso a empresa seja uma ME ou EPP não deixar de marcar no cadastro web;
8º Depois de registrado o contrato, fazer as alterações correspondentes na receita federal (não esqueça de incluir a opção de alteração de natureza jurídica), abrir inscrição no município de São Paulo e encerrar a inscrição no municipio de Rio Grande da Serra.
A empresa pode até ser optante pelo simples dependendo dos CNAES que ela tem, mas geralmente para prestadores de serviços não compensa tanto... é uma questão de você analisar... mas se quiser fazer a opção terá que ser em janeiro de 2009.