Boa tarde Marinez Ferraz
Acredito que suas perguntas estejam relacionadas a uma Empresa de Lucro Real, no Regime Não-cumulativo.
Respostas:
1º O que motiva a você querer creditar PIS e COFINS sobre os estoques? Por ventura a Empresa que faz menção está sendo aberta agora? Trata-se de inicio de atividade?
2º O PVA não é um programa auditor, e sim, validador. É claro que, algumas situações o PVA "acusa" problemas quando você credita PIS e COFINS sobre uma operação, ou dado produto, com NCM que supostamente "não geraria" crédito do imposto que você está tomando (Em se tratando de EFD Contribuições). Por isso, em se tratando de PIS e COFINS, é preciso analisar cada produto, individualmente, principalmente para saber se a NCM imposta a ele, condiz com o que ele realmente é. Depois disso, realizar uma analise tributária, para confirmar qual a posição dele em relação ao PIS e COFINS.
3º O NCM, com certeza. Até porque existem casos em que certos produtos são da mesma tabela de NCM (Código de Gênero), porém, a interpretação do produto em relação ao PIS e COFINS, é diferenciada. Vamos a um exemplo, comparando dois produtos, cujo Gênero estão no mesmo "grupo", e essas mercadorias foram adquiridas para revenda:
a) LEITE 1L UHT, geralmente em embalagens Tetra Park (TP), do tipo longa vida: NCM 04012010
b) LEITE CONDENSADO, geralmente em latas ou embalagens TP de 395gr: NCM 04029900
O item "a" é de aliquota zero, e de natureza da Receita 110. Já o item "b", é tributado normalmente por PIS e COFINS.
Perceba que, ambos fazem parte do "grupo" 04 da TIPI, mas possuem tributações de PIS e COFINS diferentes. A regra é que, as condições para se tributar IPI, ICMS, PIS e COFINS, diferem nos entendimentos, por isso é sempre importante estudar caso a caso.
4º Não entendi bem esse seu conceito de grupo. Acredito que você deve estar querendo tratar de destinação, correto? Olha, não sei ai no seu Estado, mas aqui em SP, a Padaria não é equiparada a industria. Acredito que ai não seja também, pois quem definiu isso foi a própria Receita Federal. Fato! Agora, se pegarmos o seu exemplo dentro deste conceito, a Farinha, primeiramente, não geraria crédito de PIS e COFINS, pois ela está arrolada a aliquota zero. No caso das formas, essas entrariam como material de uso/consumo.
5º O sistema que seu cliente utilizar, deverá estar atento aos Registros do SPED, principalmente o Fiscal, e realizar tratamentos com os fatores de Conversão, principalmente para lidar com situações como essa, em que a unidade Inventariada é diferente da Unidade Comercializada. É possível inclusive, e mais indicado que, quando o seu cliente for escriturar a Nota do Fornecedor, utilize o produto cadastrado por ele (do cliente, que é o declarante), no Sistema dele, e utilize a unidade de medida do Fornecedor. Sem problemas. O Sistema só precisa entender bem este processo.