Boa Tarde
Jose Assi
Tem duas maneiras de fazer essa operação.
1º Redespacho - o transportador que a empresa "A" contratou só uma parte do percurso.
EX: A transportado "A" pega a mercadoria e leva até na empresa do simples ( que também é transportador), e dai por diante a empresa do simples leva ate não empresa "B"
Nesse caso, a empresa do simples( transportador) vai emitir um cte mencionando o cte da empresa "A" e destacando o ICMS, porque gerou um novo fato gerador. Sendo que o trajeto dele, será de sua empresa até o destino.
Obs.: Acredito que nao seja seu caso
2º Subcontrato - o transportador da empresa "A" contrata outro transportador para fazer todo o serviço ( levar do inicio até o final do percurso)
Nesse caso, o transportador simples irá fazer o trajeto todo, com o Cte da empresa "A" acobertando. Apos o serviço feito, a empresa do simples emitira um cte sem ICMS, só para efeito de cobrança, contra a empresa "A". Mais existem estados que isentam os transportadores de emitir um cte para cobrança. favor verificar o regulamento do seu estado.
Espera que tenha ajudado