Bom dia Antonio,
Antes de responder gostaria de fazer uma observação nesta operação descrita por você.
Operações que envolvem produtores rurais nesse caso descrito presumi-se que seja compra de insumos (adubos, estercos, fertilizantes) ou algum produto em processo (mudas, sementes) até aí tudo ok. O que não pode é o produtor comprar as mercadorias que ele próprio produz para vender, ou seja, compra de mercadoria para revenda que consequentemente caracteriza-se como comércio e não produção ok?
Agora sobre sua dúvida, caso o produtor rural que está vendendo possua Nf-e mod. 55, não há necessidade de emissão de contranota (entrada), caso contrário, ou seja, ele está vendendo em uma nota de produtor (talão) mod. 04, sim haverá a necessidade de emissão da Nf-e mod. 55 do produtor que comprou as mercadorias.
Sobre o imposto incidente na comercialização rural, chamado Funrural, este é devido pelo produtor que vendeu a mercadoria, porém o recolhimento do mesmo será feito pelo produtor que compra a mercadoria, dessa forma o produtor rural que adquiriu a mercadoria deverá reter a alíquota de 2,3% sobre o valor total dos produtos e recolher em guia GPS, os códigos da guia recolhida variam de acordo com enquadramento do mesmo, CNPJ cód 2607 e CEI cód. 2704.
Espero ter esclarecido suas dúvidas.