acerto de estoque - inventário

Bom dia a todos.
Sou iniciante em empresa estabelecida em SP, lucro real.
Fizeram aqui um inventário e foi constatada uma diferença no estoque físico em relação ao contábil; o contábil está maior que o físico.
Podemos/ devemos emitir nota fiscal de saída para acertar este estoque? Se sim, qual seria o cfop e a tributação do ICMS e se emite em nome próprio da empresa? lembrando que há itens que tem substituição tributária.
Me ajudem por favor.
Obrigado.

Edvaldo