Bom dia,
Fábio Nascimento de Carvalho,
Se o custo da mercadoria sofreu alguma alteração isso significa que ocorreu alguma operação que gerou um aumento no custo, o custo a que você se refere é o custo unitário do produto, na contabilidade não reconhecemos o custo unitário e sim o valor total do estoque.
Vou exemplificar abaixo qualquer dúvida é só me comunicar.
Exemplo:
Imagine a situação que o cliente possui uma unidade do produto X a R$ 10,00, para que esse valor unitário sofra alguma alteração é necessário que haja algum fato contábil que justifique esse aumento, por exemplo caso esse cliente adquira uma nova unidade do produto X a R$ 14,00 teremos no estoque 2 produtos totalizando R$ 24,00, dessa forma o utilizando a método do custo médio temos que o custo unitário do produto é R$ 12,00. (R$ 24,00 / 2 = R$ 12.00).
Então observe que, o sistema de gestão ou então a FICHA KARDEX irá registrar que o custo unitário do produto será R$ 12,00 porém na contabilidade teremos a conta estoque, sem descriminar quantidades, o valor de R$ 24,00 (R$ 10,00 + R$ 14,00 = R$ 24,00). Observe que é papel da contabilidade registrar o montante da conta estoque e não suas quantidades. Nesse exemplo o aumento do custo do Estoque será justificado pela entrada na nova unidade do produto X a R$ 14,00, este então é o fato contábil).