Diferença de ICMS entre estados

Boa tarde pessoal.
Tenho uma cliente no ramo de farmácia de manipulação no estado de MG, na qual ela realiza compras de outros estados, como por exemplo São Paulo. Segundo ela, quando ela compra de fora do estado dela, a contabilidade tem que gerar guias para fazer os pagamentos dessas diferenças de ICMS para o estado de Minas. Eles estão alegando que esse valor que é pago é um custo a mais que eles tem com essas mercadorias compradas, mas isso não está sendo aplicado no valor de custo dos produtos por essa informação não vir obviamente descriminada na nota quando ela faz a importação para o sistema deles via arquivo xml. Minha dúvida com relação a isso, é se realmente isso é correto, e se os sistemas informatizados devem fazer um calculo dessas diferenças para que esses valores pagos das guias sejam aplicados ao custo das mercadorias envolvidas?

Bom dia Fernando.
No Leiaute da NFE não existe campo para essa informação.
O que pode ser feito é um acordo comercial onde seu cliente peça um desconto referente a esse DIFAL.
O fornecedor dele poderá destacar nas informações adicionais esse desconto.