Mirella,
Dá uma olhada nesse texto:
Art. 11. No caso de restituição de contribuições para outras entidades ou fundos, vinculada à restituição de contribuições previdenciárias na forma do art. 250, § 1º do Regulamento da Previdência Social (RPS), aprovado pelo Decreto nº 3.048, de 6 de maio de 1999, será o pedido recebido e decidido pelo
INSS, que providenciará a restituição.
§ 1º Entende-se como contribuições vinculadas, a ocorrência de recolhimento indevido à Previdência Social e a outras entidades ou fundos (terceiros), no mesmo documento de arrecadação.
§ 2º O pedido de restituição de contribuições que envolver somente importâncias relativas a outras entidades ou fundos será formulado diretamente à entidade respectiva e por ela decidido, cabendo ao INSS prestar as informações e realizar as diligências necessárias.
Pelo que entendi, se os valores foram recolhidos juntos, é o INSS quem se responsabiliza. Nunca tive uma situação como essa, mas acredito que retificando as GFIPs você vai zerar os valores pagos a terceiros, cabendo ao INSS a restituição. Mas não posso afirmar com certeza, seria bom procurar mais informações.
Att,
Karina