Erro CST ICMS E IPI NFe

Uma determinada empresa em 2015 era optante do simples nacional, em 2016 esta no Lucro Presumido, na mudança de regime no inicio do ano, o sistema emissor de nota fiscal eletrônica foi configurado erroneamente e muitas notas saíram com CST de ICMS e IPI errados. O erro foi percebido agora, em conferência verificamos que não houve erro no calculo dos impostos, está tudo correto. Como são muitas notas, acho inviavel fazer cartas de correção para todas. O Contador disse que efetuou a correção nos livros fiscais e os SPED s foram entregues corretamente. Outros colegas da área dizem que pode ficar como está porque não houve lesão ao fisco. Gostaria de ouvir a opnião dos colegas do fórum. Obrigada