Marcelo Boa tarde
Primeiro verifique se há algum convenio ou protocolo que obriga você a recolher o ICMS ST para o estado do AMAPA.
Caso exista, o segundo passo será verificar a legislação interna do estado do AMAPÁ, para confirmar se o beneficio da "isenção" do ICMS influenciará no calculo da ST ou não. Possa ser ou não que, a empresas adquirente tenha algum beneficio também, como "crédito presumido" por exemplo. E isso impacta diretamente no calculo.
Conforme dispõem a clausula 4° do convenio 81/93 "o sujeito passivo por substituição observará as normas da legislação da unidade da Federação de destino da mercadoria."