Mei com funcionário desenquadrou da sua condição de Simei ag

Bom dia amigos tenho uma duvida bastante curiosa tenho um mei aberto desde 25/02/2014 e registrou funcionário a partir de 05/04/2016, ele desenquadrou do mei desde 01/2016 mas o desenquadramento foi feito na competência 11/2016 por que utra passou o limite, e retroagiu desde 01/2016 a competência 01/2016 até 03/2016 foi fácil troquei os dados da GFIP para 2 optante código de pagamento 2003 fap 1% e informei o sócio e recolhi em atraso suas GPS, agora da competência 04/2016 em diante tem funcionário e já foi feito GFIPS com código de pagamento 2100 compensado a diferença de 17% foi transmitido da competência 04/2016 até 10/2016 e se eu fazer uma nova GFIP colocando o funcionário na modalidade 9-confirmação e recolher a diferença da GPS eu acho que vai dar zebra uma GPS foi paga com código 2100 e outra de complemento com código 2003 alguém já passou por isso ??? e o das do SIMEI vou fazer um PERDCOMP para pedir a restituição uma vez que ele pagou indevido.

Gustavo, bom dia. Eu não passei por isso, mas minhas dicas são:
- acompanhar, via eCAC, no "Relatório Complementar de Situação Fiscal" se vai aparecer "Divergência de GFIP x GPS - Valor declarado menos o recolhido, por rubrica e FPAS)", para verificar se o sistema vai reconhecer o pagamento com códigos diferentes.
- ou, se quiser antecipar, apresentar um Pedido de Retificação de GPS (disponível no site da RFB), alterando o código de pagamento.