Desenquadramento do Simples Nacional - Empresa ME

Boa Tarde a todos,
Estou com dúvidas sobre alguns procedimentos quanto à uma microempresa (ME) de um amigo, que foi desenquadrada do Simples Nacional, em 2015, e somente agora tomou conhecimento do ato.
Como é uma empresa pequena, que nos últimos meses está sem movimento. A forma de tributação que passou a apurar seria a do Lucro Presumido? Caso afirmativo, estaria obrigada a todas obrigações do novo enquadramento, inclusive os SPED PIS/COFINS e CONTÁBIL FISCAL? Não foi feita a alteração para o Livro Caixa. Antecipadamente, agradeço a atenção.
Sergio

Prezado Colega, Sergio, a situaçao e muito dolorosa para seu amigo e o contador dele, pois se foi desenquadrado ja no exercicio de 2015, automaticamente em 2016, passou a ter que ser feita a tributaçao pelo Lucro Presumido e cumprir todas as obrigaçoes inerentes a essa modalidade tributativa. Pelo que deduzo o motivo do desenquadramento foi Debitos em Aberto, caso seja tera que parcelar tambem os mesmos, quanto ao SPED, so estara obrigado ao SPED fiscal, pois o Contabil, e caso houvesse distribuiçao de Lucro, coisa que nao e permitida caso tenha dividas, o que deve ser o caso, e mesmo que o tivesse nao distribua pois assim ficara livre pelo menos da multa do SPED Contabil. Lembrando que o Contador e responsavel, pela lambança toda , pois em geral ele recebe o ADE via correio eletronico no e-CAC. Nao desanime tudo tem conserto, agora se o contador nao estava sendo pago cessa a responsabilidade do mesmo ha meu ver, pois ninguem e obrigado a trabalhar de graça. Para uma analise mais perfeita da situaçao tera que levar o problema ao contador , para que ele lhe oriente, com base na documentaçao, pois aqui so me prendi em suas colocaçoes, pode haver mais alguma coisa que so analisando os documentos e possivel determinar.
Sds. Ribeiro
https://www.orgribeiro.com.br

Muito obrigado pela resposta, Manuel. Era o que eu esperava.
A empresa trata-se de uma Cantina, que trabalha com refeições entre outros produtos.
Ele possuía 2 empresas cadastradas no Simples Nacional. ..
Só aí, já acredito ser um problema, pois a que eu saiba, somente uma delas poderia ser simples.
Independe desse fato, também existiam débitos pendentes.
Se não fosse pedir demais, poderia me dar uma ideia dos percentuais a que estaria submetida como Lucro Presumido.
Impostos:
ICMS (acredito que o ISS já estaria embutido no valor apurado), não sei se estou certo.
PIS, COFINS, CSLL, IRPJ,
Obrigações Acessórias:
DCTF, SPED EFD PIS/COFINS, DIPJ(?)

Mais uma vez agradeço antecipadamente a atenção de todos.
Sergio