Ok. Se o imposto já foi pago, você pode realizar a retificação normalmente, informando os valores corretos a serem apurados.
Ao final da apuração, o valor a pagar de DAS ira ser SOMENTE a diferença do valor atual para o anteriormente informado, pois ele automaticamente reconhece o pagamento das guias de DAS dos meses em questão e faz seu abatimento.
Um exemplo bem simples:
Faturamento R$ 1.000,00 com DAS a pagar de R$ 60,00.
Esses R$ 60,00 já foi pago, mas você tem que alterar esse faturamento de R$ 1.000,00 para R$ 1.500,00.
Então você vai iniciar a retificação da apuração e ao final, esse novo valor de faturamento de R$ 1.500,00 iria inicialmente gerar um DAS a pagar de R$ 90,00. Mas como já foi pago R$ 60,00 ele somente vai tributar a diferença, ou seja R$ 500,00 e gerar um DAS complementar de R$ 30,00 (R$ 90,00 - R$ 60,00).
Entendeu?
Pode realizar a retificação sem medo, que se o imposto já foi pago, o PGDAS-D irá compensar e você não irá pagar novamente, somente irá gerar a guia para pagar a diferença.
Só tome cuidado para ver se essa retificação, como se trata de 3 meses, não irá alterar sua faixa de tributação nos anexos do Simples e com isso te trazer um problema maior.