Lais Cristina Adriano,
Pode acontecer de essa numeração já ter sido utilizada. Portanto, haveria um .xml já transmitido, provavelmente com outra data, e o .xml atual é diferente do já transmitido mas com numeração igual.
Muitas vezes acontece de, ao mudar de computador e/ou programa, começamos usando numeração já utilizada no computador/programa anterior. É preciso verificar se é esse o caso.
Dê uma olhada nesse blog, pois tem algumas dicas sobre essa rejeição: http://suporteemissornfe.blogspot.com.br/2015/04/rejeicao-539-duplicidade-de-nf-e-com.html