Bom dia!!
Léia, Karina,
Na verdade esta operação que o contador de GO está solicitando é legalmente reconhecida em São Paulo!!
Para entender esta situação vocês precisarão conhecer mais a fundo a estrutura do XML 3.10.
Existe a possibilidade de criar um grupo de XML chamado "Identificação do Local de Entrega".
Ou seja, mesmo que o adquirente da mercadoria esteja localizado em GO, "se" no arquivo XML houver o grupo de identificação do local de entrega com UF igual a SP, a validação da SEFAZ entende que se trata de uma OPERAÇÃO INTERNA, ou seja, deve ser utilizado CFOP interno 5.XXX.
Aqui em SP, quem configura se a operação é Interna ou Interestadual NÃO É A LOCALIZAÇÃO DO DESTINATÁRIO, MAS SIM O LOCAL DE ENTREGA DA MERCADORIA, ou seja, se a mercadoria vai sair de SP e ser entregue em SP, A OPERAÇÃO É INTERNA e não interestadual.
Para maiores informações pesquise sobre as Rejeições 772 e 773, nem todos as UF's possuem esta interpretação, este é o principal causador de dúvidas - Baixe a Nota Técnica 2015/003 versão 1.92 ou o Manual de Orientação do Contribuinte 6.00, veja também o documento de perguntas e resposta sobre a EC 87/2015 de SP, ele fala claramente o que a SEFAZ-SP considera operação interestadual.
Notas Técnicas ENCAT
Manuais de Orientação do Contribuinte - RFB