De fato, Francisco, se sua filha apresentou Atestado Médico onde o médico indica a necessidade de descanso por dois dias incluindo o 1º dia como sendo da consulta, sua filha não poderia ter sido descontada.
Infelizmente há muitos empregadores ou chefes de setor que agem dessa maneira, ao invés de abrir um procedimento administrativo para verificar a autenticidade na emissão de um atestado, ele prefere jogá-lo fora e punir o trabalhador. Ocorre vez u outra um derrame de atestados falsos e os chefes ficam cismados, eu preferiria abrir o procedimento e sendo confirmado a ilegalidade na emissão do atestado, simplesmente demitir por justa causa o trabalhador que lançou mão de atestado falso, do que punir um trabalhador que teve algum problema de saúde.
Quanto ao desconto de 3 dias, refere-se ao Descanso Semanal Remunerado, pela Lei perde o DSR se não for cumprida a jornada semanal.
Sugiro sua filha retornar ao posto médico e pedir uma 2ª via do atestado, tirar uma xerox e entregar a original ao DP da empresa pedindo que assinem o recebimento na cópia xerocada que ficará sob o poder dela. Esse deve ser o procedimento sempre com Atestados e outros documentos para casos de extravios ou "cismas" dos chefes.
Boa sorte!