Boa tarde Vinícius,
quando se trata de pagamento de PJ a PF, já deveria ser formal (NF ou recibo), a fonte pagadora teria por obrigação de fazer a retenção e recolhimento referente ao IRRF mensal e você agora faria somente o ajuste do que foi recebido e pago de IR. Como isso não foi feito você deverá agora declarar os rendimentos e obrigatoriamente colocar o CNPJ, pois não passa sem.
Existe risco? Sim, para a empresa por não ter retido e recolhido no ato dos pagamentos, porém nunca vi nenhum caso prático da empresa ser notificada por esse motivo, isso é muito comum de acontecer.
Quanto ao imposto de renda, ela não pagará nada, quem pagará será você na sua DIRPF 2017.
Com relação à problemas com órgãos trabalhistas, somente se você fizer reclamação judicial por não ter sido formalizado como prestador de serviço.
Atc
AVANT ASSESSORIA CONTÁBIL
João Alves de Menezes Júnior
Contador - CRC SE/007331
Pós-graduando em Gestão Fiscal e Planejamento Tributário
Tel.: (79) 99854-8128