Boa tarde Raphael,
Desculpas por discordar brevemente, mas vou expor o meu ponto de vista. Ao meu entendimento, mercadorias adquiridas para fins únicos de prestação de serviço de empreitada (por exemplo) são sujeitas ao ISS conforme dispõe a Lei Complementar nº 116/2003, item 7.02.
7.02 – Execução, por administração, empreitada ou subempreitada, de obras de construção civil, hidráulica ou elétrica e de outras obras semelhantes, inclusive sondagem, perfuração de poços, escavação, drenagem e irrigação, terraplanagem, pavimentação, concretagem e a instalação e montagem de produtos, peças e equipamentos (exceto o fornecimento de mercadorias produzidas pelo prestador de serviços fora do local da prestação dos serviços, que fica sujeito ao ICMS).
Desta forma, ao classificar as mercadorias que diretamente forem agregadas à empreitada, eu utilizaria o CFOP 1128, outras aos quais forem para consumo próprio, tais como material de limpeza, de escritório, EPI, etc, utilizaria os CFOPs 1556/1407.
1.128 - Compra para utilização na prestação de serviço sujeita ao ISSQN
Classificam-se neste código as entradas de mercadorias a serem utilizadas nas prestações de serviços sujeitas ao ISSQN