Ótima tarde Ana Claudia e Paloma,
Ana Claudia, você deverá consultar se a exclusão foi efetuada automaticamente, se não, deverá fazer a exclusão do simples nacional, e provavelmente entre as opções de exclusão conterá a de atividade impeditiva/vedada. Os efeitos serão a partir do mês subsequente a ocorrência deste fato, aí sim deverá efetuar o cálculo dos imposto de acordo com o novo regime tributário da empresa. Neste caso a empresa terá dois regimes tributários no mesmo ano.
Paloma, alguns municípios estão sincronizados com a Receita Federal e a atualização do sistema deveria acontecer automaticamente, não sei se é o caso de Pindamonhangaba. Por outro lado muitos municípios não estão sincronizados e estas informações devem ser solicitadas junto as Prefeituras. Sugiro que você entre em contato com o setor responsável e se informe como dever ser feita esta atualização, pois vai continuar errado. Na minha cidade temos que fazer isto todo ano.
Att,
Wiliam