Mato Grosso do Sul - ICMS sobre transporte

Boa tarde!

Tenho um cliente (transportadora de combustíveis) inscrita aqui no estado de SP que presta serviços cujo início do transporte se dá no MS.
Como o serviço se inicia em MS e termina em SP, o ICMS é devido ao Mato Grosso do Sul. O que não consigo entender é como deve ser calculado o imposto - que até então pensava ser 12% sobre o valor da nota fiscal - pois os clientes sul-mato-grossenses da transportadora retêm um valor bem mais alto do que isso.

Alguém sabe se há alguma particularidade no cálculos de ICMS nesses casos?

Desde já agradeço.

Fernanda.

O valor da nota fiscal é a Base de Cálculo para o ICMS da mercadoria!
A base de cálculo do ICMS transporte é o valor do serviço de transporte, conforme artigo 13, III, Lei Kandir.
Alguns Estados colocam pautas fiscais, como valor mínimo a ser considerado como base de cálculo (tentam inibir a sonegação fiscal com valores mínimos pautados).
Aqui no Ceará, por exemplo, atualmente a pauta com valores mínimos está na Instrução Normativa 35/2014 (mas prevalece o valor da prestação acordado se maior que o valor fixado na pauta).
IN 35/2014 do Ceará, art. 1º, §4º:
"§ 4º Prevalecerá como base de cálculo do ICMS o valor da prestação de serviço efetivamente praticado, quando superior ao fixado no Anexo Único".

Em síntese: A BC do ICMS FRETE nãó é o valor da NF-e! Art. 13, III, Lei Kandir.