Se for em relação ao ultimo trimstre sim, so em 3 vezes.
veja so se fica mais claro.
Se seu IR e CSLL deu por exemplo R$ 10.000,00, cada, para ficar mais facil de entender
esses valores voce divide por 3
a primeira quota sai periodo de apuração 31/03/2017 vencimento 28/04/2017, para ambos impostos com seus respectivos codigos (2089 - irpj e 2372 - csll)
no mes seguinte voce joga esses valores no sicalc (baixe esse programa) e la vc coloca as informações e o programa atualiza o valor do imposto, lembrando que a segunda quota sera periodo de apuração 31/03/2017 vencimento 31/05/2017 e a terceira quota periodo de apuração 31/03/2017 vencimento 30/06/2017.
veja se tambem não ha o adicional de 10% do IRPJ