João,
Minha opinião... deixo claro que é questão de opinião... é que você neste caso deverá informar para sua nova ECD se assim for, Livro Diário 3. Veja porque: partindo do princípio que quando na primeira vez você fez uma ECD de uma empresa que tinha 5 livros Diário registrados, você informou na primeira ECD que aquele era Livro 06, em função da ECD desconhecer números de livros e sequências de livros, eu penso.
Outra lógica seria a de pensar que não deverá haver inconsistência/erro, porque não era exigido número de livro naquele ano perante a não obrigação da entrega da mesma, logo, este registro existirá somente no aspecto Físico, quando a empresa estava no Simples, o que a desobriga e para a qual não compete a entrega, como também nem esta, e nenhuma outra INFORMAÇÃO caberia... seria para a ECD um exercício morto, acredito.
Mas, outro colega poderá nos ajudar no tocante a alguma norma legal ou dispositivo de Lei que nos fundamente.
Espero ter ajudado,
SC