Sr. Cláudio,
Não posso afirmar com 100% de certeza, pois, legislação municipal é muito peculiar, muda muito de município para municío. Porém, aqui em Franca, a prefeitura libera o Alvara de Funcionamento para 2(dois) Empreendedores Individuais no mesmo endereço. Funciona assim:
O senhor e sua esposa farão pedidos distintos no site do MEI, reunirão a documentação necessária (cópia RG, CPF) e levarão na Junta Comercial, após algum tempo será liberado os números de inscrição, inclusive o Alvará Municipal Provisório, esse terá validade de 180 dias, que será também o prazo que a prefeitura terá para fiscalizar, tornando-se definitivo caso a fiscalização não aconteça.
Mais informações no site: https://www.portaldoempreendedor.gov.br