Funcionário com código de afastamento incorreto

Bom dia! Preciso muito da ajuda dos colegas.
Um funcionário foi afastado dia 28/09/2016 por doença (inicialmente), a perícia foi marcada para o dia 16/12/2016, período em que a empresa em que trabalha está de férias coletivas. Dessa forma o funcionário só nos trouxe a documentação do INSS na volta das férias, que se deu em 08/01/2017.

*O comunicado de Decisão do INSS tinha como espécie o cód: 91, isso só foi descoberto ontem dia 22/06/2017 (antes tarde do que nunca).

Sei que devo confirmar as informações anteriores, já refiz a SEFIP de Setembro/2016, que ao meu ver não mudará valores e nem haverá recolhimento, só deve ser retificada a fim de informar como acidente de trabalho.

Estou com dificuldade no entanto na SEFIP de Outubro/2016, pelo seguinte:

Salário: 1915,00

Holerite errado: Horas afastadas por doença - 1149,00
Horas afastadas por doença c/ Dir Integrais - 766,00
Desc Horas afastadas - (-1149,00)
Inss - (61,28)

Holerite corrigido: Afast acid trabalho - 1149,00
Afast acid trabalho c/ Dir Integais - 766,00
Desc Afast acid trabalho - (-1149,0,)
Inss - (-61,28)

Dúvidas: a base do INSS no SEFIP será zerado?
O FGTS irei recolher da diferença 1149,00, no SEFIP seleciono Remuneração complementar e coloco o valor de 1149,00, no entanto, dá inconsistência na hora de gerar, pq fala que a Base de cálculo do INSS deve ser maior quando existe Remuneração complementar e para o Cód de afastamento. Além do que os valores do INSS já não batem com a SEFIP anterior.

Ficaria correto se colocasse somente a diferença que falta recolher, sem marcar que Remuneração complementar e daí colocar o valor do INSS 766,00, pq dessa forma o valor do INSS no SEFIP não muda e gera o recolhimento da guia do FGTS (só que sem a informação complementar).

Por favor gnt, se alguém puder me auxiliar ficaria agradecida, pois estou desesperada.

Abraços!