Divergencia livro de inventário e contagem fisica

Tenho um novo cliente que é uma farmácia e existe uma diferença enorme entre o estoque físico dele e o apresentado no livro de inventário. Ele é simples nacional. O estoque dele no livro de inventário está totalmente inflado e agora temos que acertar para bater com o que realmente ele tem no físico.
Como fazer esse ajuste no livro de inventario? Emito 1 nota fiscal de acerto de estoque e tributo o valor? Pq teoricamente foi causados por anos de vendas sem nota.... alguém pode ajudar?

Ola Cintia

Sugiro a leitura e o estudo dos links abaixo sobre a questão

*http://www.tax-contabilidade.com.br/matTecs/matTecsIndex.php?idMatTec=23

**http://www.tax-contabilidade.com.br/matTecs/matTecsIndex.php?idMatTec=328

* Fonte: Tax Contabilidade. Regularização de divergências entre estoque físico e contábil (Area: Manual de Lançamentos Contábeis). Disponível em: http://www.tax-contabilidade.com.br/matTecs/matTecsIndex.php?idMatTec=23. Acesso em: 04/07/2017.

**Fonte : Tax Contabilidade. Livro Registro de Inventário (Area: Guia do IRPJ e CSLL) . Disponível em: http://www.tax-contabilidade.com.br/matTecs/matTecsIndex.php?idMatTec=328. Acesso em: 04/07/2017.