Bom dia, Andreia!
Nem sempre serão necessárias as assinaturas de dois contadores, somente quando houver alterações nos demonstrativos, lançamentos e saldos contábeis.
Entendo eu que, se o motivo da substituição for apenas o mapeamento de contas referenciais, o termo pode ser assinado somente pelo contador que está transmitindo o arquivo.
Conforme IN RFB 1422, §2º:
Art. 5º-A Depois de autenticados somente poderão ser substituídos os livros que contenham erros que não possam ser corrigidos por meio de lançamentos extemporâneos, nos termos das Normas Brasileiras de Contabilidade. (Incluído(a) pelo(a) Instrução Normativa RFB nº 1679, de 27 de dezembro de 2016)
§ 2º O Termo de Verificação para Fins de Substituição será assinado: (Incluído(a) pelo(a) Instrução Normativa RFB nº 1679, de 27 de dezembro de 2016)
I - pelo próprio profissional contábil que assina a escrituração substituta, quando a correção dos erros não depender de alterações de lançamentos contábeis, saldos, ou demonstrações contábeis, tais como, correções em termo de abertura ou de encerramento e na identificação dos signatários; (Incluído(a) pelo(a) Instrução Normativa RFB nº 1679, de 27 de dezembro de 2016)
II - por 2 (dois) profissionais contábeis, sendo 1 (um) deles contador, quando a correção do erro gerar alterações de lançamentos contábeis, de saldos ou de demonstrações não auditadas por auditor independente; (Incluído(a) pelo(a) Instrução Normativa RFB nº 1679, de 27 de dezembro de 2016)
III - por 2 (dois) contadores, sendo 1 (um) deles auditor independente, quando a correção do erro gerar alterações de lançamentos contábeis, de saldos ou de demonstrações que tenham sido auditadas por auditor independente. (Incluído(a) pelo(a) Instrução Normativa RFB nº 1679, de 27 de dezembro de 2016)
§ 3º São nulas as alterações feitas sem o Termo de Verificação para fins de Substituição de que trata o § 1º