Oi Bruno
O CAGED você precisa enviar novamente, porém agora com a informação de exclusão de registro, consulte o suporte do seu sistema de DP para ver como marcar essa opção, mas ela precisa ir como exclusão ok?
Sobre a sefip não ficou claro se você fez GRRF, movimentou chave de saque, etc... então vou te informar apenas da sefip partindo da ideia que você transmitiu a mensal com todos os funcionários.
Nesse caso será necessário você enviar nova sefip deixando todos funcionários na modalidade 9 de confirmação das informações anteriores e somente o funcionário demitido você deixará na modalidade branco que é de recolhimento do FGTS
Ou seja, você irá retificar a sefip incluindo esse funcionário que não teve recolhimento anterior, ah você precisará retificar a GPS também ok?