Dileto Daniel, entendo que ele deva fazer como orientei inicialmente, arriscando-se a ser autuado, ou seja, solicitar que o fornecedor envie 50 unidades sem nota fiscal (pois a NF-e anterior já contemplou essas 50 unidades, apenas não foram enviadas). Caso não seja detectado pelo Fisco, então, fica tudo resolvido! Tudo certinho...
Uma outra saída é comunicar o ocorrido ao Fisco e solicitar um procedimento, como ele está procurando o Fisco espontaneamente ficará isento de penalidades (art. 138 do CTN).
Orientei o procedimento acima porque além de ser mais simples, principalmente porque não lesa o Fisco. A NF-e anteior contempla 100 unidaes, portanto, o pagamento ao Fisco da origem está preservado e uma possível cobrança de ICMS no destino será em cima de 100. Assim, nem um, nem outro Fisco serão lesados.
Obs. A legislação não tem solução para isso pois não contempla procedimentos errados. Quando isso ocorre deve-se procurar o Fisco solicitando solução e autorização do Fisco para algum procedimento corretivo.
Obs. 2. Mesmo que ele recuse, voltará errado, pois a nota fiscal é 100 e só consta no veículo 50. É o mesmo erro quando da chegada!