Oi Alessandra
Vamos por partes.
"Minhas empresas é do Lucro Presumido aqui em São Paulo, independente do CNAE enquadrado é obrigatório o registro 1600?"
R = Não é o fato de ela ser do Lucro Real ou Presumido que irá definir a obrigatoriedade na apresentação de um determinado Registro. A Legislação Paulista em relação à EFD ICMS/IPI especifica algumas coisas, dentre elas quais são os Registros dispensados da EFD para este Estado.
Acesse: info.fazenda.sp.gov.br
Já adianto a você que conforme o Anexo I, do registros cujas informações correspondentes estão dispensadas de inclusão no Arquivo Digital da EFD para os Contribuintes do Estado de São Paulo, o Registro 1600 não está incluso. Portanto é obrigatória a apresentação desse Registro.
Como é feito o lançamento do registro 1600?
R = Não é complicado. Acesse o site: sped.rfb.gov.br
Vá até a página 199 do Guia Prático e veja o que realmente você precisa de informação. Obs: O Registro 0150 precisará estar preenchido com os Dados da(s) Administradora(s) do(s) Cartão(ões), pois no Registro 1600 é preciso constar o Código do participante (campo 02 do Registro 0150):
identificação da administradora do cartão de débito/crédito.
"Algumas empresas possuem ECF e SAT, como devo lançar dentro de cada um, para que as informações sejam lançadas no Sped"
R = O seu cliente, obrigado à EFD, não consegue gerar um arquivo SPED Fiscal para você? Se não for possível, ele terá que te enviar um relatório. Não sei que Sistema Contábil você possui, mas deve possibilitá-la de inserir essa informação de alguma forma. Caso ainda sim não seja possível, insira a informação diretamente no PVA.