Oi, Milena
Bom dia!
Pelo que me lembro, em Niterói é completamente diferente, ou seja, você já apresenta o contrato social registrado pela JUCERJA e o CNPJ. Em seguida, você paga uma taxa de expediente (em média de R$60 a R$80 reais) lá na Prefeitura de Niterói. Esse processo fica em análise alguns dias. Depois você retorna com a taxa paga e e eles te entram uma outra taxa, com o valor maior (uns R$300,00) e quando pagar, já retira o Alvará.
Desculpe se a resposta está incompleta, mas é que eu também faço os processos no Município do Rio e só sei dessas coisas, pois abri umas 2 ou 3 empresas em Niterói.
Depois de retirar o alvará, você vai precisar fazer o cadastro no site WEBISS pra poder emitir nota fiscal eletrônica de Niteroí. Na época eu tive que preencher um requerimento nesse site (WEBISS), assinar e entregar na Prefeitura.
O ideal é perguntar diretamente na Prefeitura pra não ter erro.