Bom dia Nathalie,
A baixa de estoque deve sim ser emitida nota fiscal conforme o artigo 125, inciso VI, alínea "c" do RICMS/SP, cc § 8º do RICMS/SP.
SEÇÃO II - DOS DOCUMENTOS FISCAIS RELATIVOS A OPERAÇÕES COM MERCADORIAS
SUBSEÇÃO I - DA NOTA FISCAL
Artigo 125 - O contribuinte, excetuado o produtor, emitirá Nota Fiscal (Lei 6.374/89, art. 67, §§ 1º e 3º, e Convênio de 15-12-70 - SINIEF, arts. 6°, I, e 20, IV, na redação do Ajuste SINIEF-3/94, cláusulas primeira, III, e segunda, III; art. 7º, § 3º, na redação do Ajuste SINIEF-4/87, cláusula primeira, e art. 18, com alteração do Ajuste SINIEF-3/94, cláusula segunda, II, arts. 20 e 21, I e V, e § 1º):
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VI - nos casos em que mercadoria entrada no estabelecimento para industrialização ou comercialização vier: (Inciso acrescentado pelo Decreto 61.720, de 17-12-2015, DOE 18-12-2015; produzindo efeitos a partir de 01-01-2016):
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c) a ser utilizada ou consumida no próprio estabelecimento.
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§ 8º - Na hipótese prevista no inciso VI: (Parágrafo acrescentado pelo Decreto 61.720, de 17-12-2015, DOE 18-12-2015; produzindo efeitos a partir de 01-01-2016)
1 - a Nota Fiscal, além do disposto no artigo 127, deverá:
a) indicar, no campo “Código Fiscal de Operações e Prestações - CFOP”, o código 5.927;
b) ser emitida sem destaque do valor do imposto;
Quanto ao ICMS o mesmo deverá ser estornado conforme o item 2 cc artigo 67 do RICMS/SP do mesmo embasamento:
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2 - o contribuinte deverá estornar eventual crédito do imposto, nos termos do artigo 67.
SUBSEÇÃO III - DO ESTORNO DO CRÉDITO
Artigo 67 - Salvo disposição em contrário, o contribuinte deverá proceder ao estorno do imposto de que se tiver creditado, sempre que o serviço tomado ou a mercadoria entrada no estabelecimento (Lei 6.374/89, arts. 41 e 42, o primeiro na redação da Lei 10.619/00, art. 1º, XXI):
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V - para industrialização ou comercialização, vier a ser utilizada ou consumida no próprio estabelecimento.
Como a NF não deverá haver o tributo, porém valor ainda que simbólico, eu sugiro considerar o valor contábil como o mesmo utilizado para fins da base de crédito do ICMS em sua aquisição (caso houver).
O código do sub item da GIA/ICMS será o 03.09 e o SPED Fiscal 010309.
Com relação ao PIS e COFINS, por ser empresa tributada pelo lucro presumido, creio não haver estorno, até porque não há possibilidades de crédito em sua aquisição.
