Desconcentração Administrativa - Procedimento para Abertura

Olá pessoal, boa tarde.
Trabalho em uma prefeitura e estamos implantando a desconcentração administrativa. Nossa intenção é desconcentrar para o ano de 2018. Estou com muitas dificuldades para criar os CNPJ's das secretarias. A princípio, iríamos abrir filiais no CNPJ do município, mas a natureza jurídica 124-4 não permite criação de filial. Pensamos então em fazer um CNPJ para cada secretaria, com a natureza jurídica 103-1, mas também tem a possibilidade de se abrir um CNPJ para a Prefeitura, com a Natureza jurídica 103-1 e daí criar as filiais para as secretarias, pois assim seria mais característico de desconcentração.
Fui na Receita para abrir o CNPJ e a técnica que me atendeu não validou o procedimento e me orientou a procurar o plantão fiscal para verificar como deve ser feito. Alguém que tenha feito e que poderia me orientar?

Juliana Zanetti dos Reis, vc pode descentralizar o banco de dados, como é feito aqui na minha prefeitura, mas as secretarias em si não tem natureza jurídica, todo o lançamento seria feito no CNPJ da prefeitura mesmo, mas bom o banco de dados desvinculado para ter a execução separada,
exemplo pratico no fundo da saúde, teria a sua propria unidade orçamentaria separada e executaria separadamente mas no cnpj da prefeitura, e no final do mês vc ira conseguir consolidar.
mas para qual seria a finalidade da separação por cnpj?

Descentralização orçamentária não tem nada a ver com CNPJ. Neste ponto o Breno está coberto de razão ao dizer que criar CNPJ para as secretarias não é necessário. Diria até que não é recomendável porque cada CNPJ terá uma gama extra de obrigações acessórias perante o Fisco.
Também decentralizar banco de dados, e aí eu suponho que o Breno esteja se referindo a permitir que cada secretaria lance no sistema as operações orçamentárias suas de forma autônoma também não é a essência da descentralização. A questão do sistema informatizado e de banco de dados é parte do processo de descentralização no sentido de que o sistema deve permitir a descentralização, mas simplesmente separar bancos de dados, ou criar unidades gestoras para cada secretaria não é descentralizar.

Recomendo que estude um pouco mais sobre a matéria, principalmente o MCASP.